Thymian ist ein wichtiges Gewürz vieler europäischer Küchen, vor allem in Südeuropa. Es ist besonders typisch für Frankreich, wo man frische Thymianzweige mit anderen Kräutern zu Bündeln bindet und Suppen, Saucen oder Eintöpfen zusetzt, wobei sie vor dem Servieren wieder entfernt werden . In der mitteleuropäischen Küche verwendet man Thymian zumeist für Suppen, Fisch, Geflügel und Eier. Ebenso verbessert Thymian, besonders Zitronenthymian, jeden Kräuteressig. In der Lebensmittelindustrie wird Thymian häufig mit Majoran für Wurstgewürzmischungen kombiniert; er verträgt sich gut mit Lorbeer- oder Boldoblättern. Auch Käse wird manchmal mit Thymian gewürzt.